工具

进化分析序列比对,快速建树,ML树
比对工具blast, blat, Abyss 中小基因组组装
遗传统计工具GWAS , QTL 定位
序列格式转换fasta - fastq, Aln - phy - nexu - schodddl, bed - gff - gtf, Sam - bam ,vcf - hmp - plink
做图工具基因结构, circos , 热图, 火山图, 韦恩图, 分布图, 曼哈顿图, QQ-plot
注释工具GO 注释, 变异注释
评估工具reads 质量评估, mapping 效率评估, reads 分布评估
群体遗传学工具Fst, 多样性分析, 选择分析, 全基因组选择信号扫描
序列信息预测CNCI , CPC , motif 预测
网络工具构建共表达网络

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